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CHIMICA IN RETE

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CHEMISTRY ON THE WEB

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Anno accademico 2019/2020

Codice attività didattica
MFN1406
Docenti
Prof. Piero Ugliengo (Titolare del corso)
Prof. Gabriele Ricchiardi (Titolare del corso)
Corso di studio
Chimica e Tecnologie Chimiche
Anno
3° anno
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
4
SSD attività didattica
CHIM/02 - chimica fisica
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Obbligatoria
Tipologia esame
Prova pratica
Prerequisiti
Al fine di sviluppare pagine web a carattere chimico gli studenti che si iscrivono al corso (attenzione: numero limitato a 50) devono possedere i seguenti prerequisiti: Matematica I, Chimica Fisica I, Chimica Organica I e Chimica Generale I.
In order to be able to build up web pages with a strong chemical content students who would like to be enrolled in the course should have already passed: Mathematics I, General chemistry I, Organica Chemistry I and physical chemistry I. Please keep in mind that seat are limited to 50 therefore it is mandatory to enroll at the course.
Propedeutico a
Nessuna propedeuticita'
The course is not preparatory to future courses
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Sommario del corso

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Avvisi

Iscrizioni a "Chimica in Rete" posticipate al 15/12/2019 Apertura registrazione al corso di "Chimica in Rete" posticipata
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Obiettivi formativi

Apprendimento dei concetti base del linguaggio HTML e degli strumenti standard di visualizzazione molecolare sul web (programma Jmol).
Capacità di ricercare informazione chimica sia su web che in data base strutturali. Capacità di contestualizzare e valutare la qualità dell'informazione chimica disponibile in rete. Uso di visualizzatori e modellizzatori molecolari (MOLDRAW, WebLabViewer, ArgusLab).
Capacità di utilizzare gli strumenti appresi per organizzare materiale scientifico in forma fruibile attraverso il WEB. Capacita' di presentare i risultati organizzati come sito web ad una audience piu' ampia.

Basic concepts of HTML language and of standard molecular visualization program on the web (Jmol program). To be able to get chemically relevant data on the web and to handle structural data base. To be able to establish the quality of the chemical information available on the web. Usage of the molecular visualization program (MOLDRAW, WebLabViewer, ArgusLab). To be able to construct a web site based on
chemical concepts. To be able to present a web site to a wide audience.

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Risultati dell'apprendimento attesi

Costruire un semplice sito web a carattere chimico. Gestire il plugin chimico JMOL.
Capacita' di selezionare l'informazione reperita su internet e classificarla in termini della affidabilita' chimica.
Capacita' di reperire informazione strutturale da database cristallografici quali ICSD, CSD e PDB.

Building a simple web site based on chemistry concepts. To handle a chemistry plugin (JMOL).
Ability to select and classify information from internet  in terms of  its chemical reliability.
Ability to seek for structural information from crystallographic databases like ICSD, CSD and PDB.

 

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Programma

Struttura degli ipertesti. Elementi di base del linguaggio HTML e uso di Jmol specifico per la visualizzazione e modellizzazione di strutture chimiche in siti web. Funzionamento dei motori di ricerca e analisi critica dei risultati. Valutazione della qualità dell'informazione in rete. Dal "peer review" allo "user generated content". Accesso alle principali banche dati strutturali (Protein data bank, Cambridge Structural Data Bank, ICSD). Uso di visualizzatori e costruttori molecolari (MOLDRAW, ArgusLab,.) per
studiare le caratteristiche strutturali di proteine (strutture secondarie e terziarie, superfici di Connolly) e materiali cristallini (impacchettamento cristallino). Introduzione alla meccanica molecolare. Ottimizzazione delle strutture molecolari mediante minimizzazione dell'energia meccanica. Cenni ai metodi di calcolo quanto meccanico. Unita' di tre studenti dovranno costruire un sito web completo il cui contenuto enfatizzi
proprietà molecolari strutturali di una certa classe di molecole (farmaci, biomolecole, materiali inorganici, etc).

The structure of hypertexts. Basic HTML tags and use of JMOL for the interactive manipulation of molecular and crystalline structures on web pages. Search engines technology and critical analysis of results. Quality evaluation of chemical web pages: from peer reviewed sources to user generated content. Structural data banks (Protein data bank, Cambridge Structural Data Bank, ICSD) as well as molecular graphic and molecular modeling programs (MOLDRAW, ArgusLab, .) to highlight the main structural features of proteins (secondary and tertiary building units,
Connolly surfaces) and of crystalline materials (crystal packing).
Introduction to molecular mechanics. Structure optimization by means of minimization of the mechanical energy by means of the gradient method.
Small groups of students should design a fully functional web site devoted to highlight molecular structural features of a particular class of molecules (drugs, biomolecules, inorganic materials, etc.).

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Modalità di insegnamento

Il corso e' interamente svolto in aula informatica. Gli studenti utilizzano un PC a gruppi di 2-3 studenti. Le lezioni si dividono in un primo blocco di concetti fondamentali relativi al world wide web, internet, banche dati, wikipedia e certificazione dell'informazione. Un secondo blocco di lezioni vede gli studenti impegnati nella realizzazione del sito web e la interazione con i docenti e' quindi continua.

The course is entirely based on a computer room. Groups of up to 3 students share a single PC. Lessons consist of an initial block in which basic concepts related to the world wide web,  internet infrastrucure,  databases, wikipedia and certified information are provided. In a second block of lessons,  students are involved in the development of their web site with continuos intercation with the teachers.

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Modalità di verifica dell'apprendimento

L'esame si svolge, di norma, come segue: lo studente presenterà ai docenti il sito web preparato durante il corso e dovrà essere competente sia degli aspetti informatici del sito web che del suo contenuto chimico. E' ammesso svolgere la creazione e la presentazione del sito web in gruppi di 2-3 studenti.
L'esame prevede una valutazione in trentesimi

The student should show the web site developed during the course and should be able to master informatics details as well as the chemical concepts within the site. The construction and presentation of the web site can be carried out in small groups (2-3 students). The evaluation is on a 30/30 based score.

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Testi consigliati e bibliografia

Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sotto. E' scopo del corso utilizzare documentazione direttamente disponibile sul WEB.

Dispense e files con esempi sono disponibili al link:

 CARTELLA CON ESEMPI E FILES CONDIVISI

CARTELLA PER LA CONSEGNA ELABORATI

License Key ICSD

The teaching material is available at the teacher web site and it will be made available to students through ppt and pdf documents. Key to the course is to get the needed information through the web.

An important link is: https://drive.google.com/open?id=0B035VEiBzXoyZzItSGJxTW1yY1U

Registrazione
  • Chiusa
    Apertura registrazione
    15/12/2019 alle ore 02:00
    Chiusura registrazione
    25/12/2019 alle ore 23:55
    N° massimo di studenti
    50 (Raggiunto questo numero di studenti registrati non sarà più possibile registrarsi a questo corso!)
    Oggetto:
    Ultimo aggiornamento: 26/11/2019 09:01
    Non cliccare qui!