- Oggetto:
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CHIMICA IN RETE
- Oggetto:
CHEMISTRY ON THE WEB
- Oggetto:
Anno accademico 2022/2023
- Codice dell'attività didattica
- MFN1406
- Docenti
- Prof. Piero Ugliengo (Titolare del corso)
Prof. Gabriele Ricchiardi (Titolare del corso)
Prof.ssa Marta Corno (Titolare del corso) - Corso di studi
- Chimica e Tecnologie Chimiche
- Anno
- 3° anno
- Periodo didattico
- Secondo periodo
- Tipologia
- A scelta dello studente
- Crediti/Valenza
- 4
- SSD dell'attività didattica
- CHIM/02 - chimica fisica
- Modalità di erogazione
- Mista
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Obbligatoria
- Tipologia d'esame
- Prova pratica
- Prerequisiti
-
Al fine di sviluppare pagine web a carattere chimico gli studenti che si iscrivono al corso devono preferibilmente possedere i seguenti prerequisiti: Matematica I, Chimica Fisica I, Chimica Organica I e Chimica Generale I. Attenzione: NON sono propedeuticità, ma sono consigliati per affrontare efficacemente i contenuti del corso. E' obbligatorio il possesso di un PC o un Mac. Sistemi operativi sono: Microsoft Windows (dal 7 in poi), macOS (da Catalina in poi) e qualsiasi incarnazione di Linux.In order to be able to build up web pages with a strong chemical content students who would like to be enrolled in the course should have already passed: Mathematics I, General chemistry I, Organica Chemistry I and physical chemistry I. Please note: these are not propaedeutics, but are strongly recommended to effectively address the course content. Possession of a PC or Mac is mandatory. Operating systems are: Microsoft Windows (7 onwards), macOS (Catalina onwards) and any incarnation of Linux.
- Propedeutico a
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Nessuna propedeuticita' ma è obbligatorio iscriversi sulla piattaforma CAMPUSNET indicando se si è del curriculum di Chimica o di Chimica Industriale nel campo note.No propaedeuticity but it is mandatory to register on the CAMPUSNET platform, telling whether it is bound to the Chemistry or Industrial Chemistry curruculum in the note field.
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Sommario insegnamento
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Obiettivi formativi
Apprendimento dei concetti base del linguaggio HTML e degli strumenti standard di visualizzazione molecolare sul web (programma Jmol).
Capacità di ricercare informazione chimica sia su web che in data base strutturali. Capacità di contestualizzare e valutare la qualità dell'informazione chimica disponibile in rete. Uso di visualizzatori e modellizzatori molecolari (MOLDRAW, WebLabViewer, ArgusLab).
Capacità di utilizzare gli strumenti appresi per organizzare materiale scientifico in forma fruibile attraverso il WEB. Capacita' di presentare i risultati organizzati come sito web ad una audience piu' ampia. Capacità di lavorare in gruppo per sviluppare soft-skills.Basic concepts of HTML language and of standard molecular visualization program on the web (Jmol program). To be able to get chemically relevant data on the web and to handle structural data base. To be able to establish the quality of the chemical information available on the web. Usage of the molecular visualization program (MOLDRAW, WebLabViewer, ArgusLab). To be able to construct a web site based on
chemical concepts. To be able to present a web site to a wide audience. Ability to work in a team to develop soft skills.- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Costruire un semplice sito web a carattere chimico. Gestire il plugin chimico JMOL.
Capacita' di selezionare l'informazione reperita su internet e classificarla in termini della affidabilita' chimica.
Capacita' di reperire informazione strutturale da database cristallografici quali ICSD, CSD e PDB.Building a simple web site based on chemistry concepts. To handle a chemistry plugin (JMOL).
Ability to select and classify information from internet in terms of its chemical reliability.
Ability to seek for structural information from crystallographic databases like ICSD, CSD and PDB.- Oggetto:
Modalità di insegnamento
Gli studenti lavorano in aula informatica a gruppi di 2-3 studenti e ogni studente deve essere dotato di un Pc con sistema operativo Windows o MacOS. Le lezioni si dividono in un primo blocco di concetti fondamentali relativi al world wide web, internet, banche dati, wikipedia e certificazione dell'informazione. Un secondo blocco di lezioni vede gli studenti impegnati nella realizzazione del sito web in aula informatica e la interazione con i docenti e' quindi continua.
L'organizzazione del lavoro lato studente sarà in gruppi da 2-3 studenti che collaborano alla costruzione del sito web in aula informatica. I docenti sono contattabili sempre via email o tramite webex.
Nel caso di emergenza COVID le lezioni verranno erogate secondo le direttive dell'Ateneo.
Students work in groups of 2-3 students in the computer classroom and each student must have a Pc with Windows or MacOS operating system. The lessons are divided into a first block of basic concepts related to the world wide web, internet, databases, wikipedia and information certification. A second block of lectures sees students engaged in website implementation in the computer classroom, and interaction with faculty is then continuous.
The organization of student-side work will be in groups of 2-3 students collaborating to build the website in the computer classroom. Lecturers can always be contacted via email or webex.In the case of COVID emergency, lectures will be delivered according to the University's guidelines.
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Modalità di verifica dell'apprendimento
L'esame si svolge, di norma, come segue: lo studente presenterà ai docenti il sito web preparato durante il corso e dovrà essere competente sia degli aspetti informatici del sito web che del suo contenuto chimico. E' ammesso svolgere la creazione e la presentazione del sito web in gruppi di 2-3 studenti.
L'esame prevede una valutazione in trentesimiThe student should show the web site developed during the course and should be able to master informatics details as well as the chemical concepts within the site. The construction and presentation of the web site can be carried out in small groups (2-3 students). The evaluation is on a 30/30 based score.
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Programma
Struttura degli ipertesti. Elementi di base del linguaggio HTML e uso di Jmol specifico per la visualizzazione e modellizzazione di strutture chimiche in siti web. Funzionamento dei motori di ricerca e analisi critica dei risultati. Valutazione della qualità dell'informazione in rete. Dal "peer review" allo "user generated content". Accesso alle principali banche dati strutturali (Protein data bank, Cambridge Structural Data Bank, ICSD). Uso di visualizzatori e costruttori molecolari (MOLDRAW, ArgusLab,.) per
studiare le caratteristiche strutturali di proteine (strutture secondarie e terziarie, superfici di Connolly) e materiali cristallini (impacchettamento cristallino). Introduzione alla meccanica molecolare. Ottimizzazione delle strutture molecolari mediante minimizzazione dell'energia meccanica. Cenni ai metodi di calcolo quanto meccanico. Unita' di tre studenti dovranno costruire un sito web completo il cui contenuto enfatizzi
proprietà molecolari strutturali di una certa classe di molecole (farmaci, biomolecole, materiali inorganici, etc).The structure of hypertexts. Basic HTML tags and use of JMOL for the interactive manipulation of molecular and crystalline structures on web pages. Search engines technology and critical analysis of results. Quality evaluation of chemical web pages: from peer reviewed sources to user generated content. Structural data banks (Protein data bank, Cambridge Structural Data Bank, ICSD) as well as molecular graphic and molecular modeling programs (MOLDRAW, ArgusLab, .) to highlight the main structural features of proteins (secondary and tertiary building units,
Connolly surfaces) and of crystalline materials (crystal packing).
Introduction to molecular mechanics. Structure optimization by means of minimization of the mechanical energy by means of the gradient method.
Small groups of students should design a fully functional web site devoted to highlight molecular structural features of a particular class of molecules (drugs, biomolecules, inorganic materials, etc.).Testi consigliati e bibliografia
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Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sotto. E' scopo del corso utilizzare documentazione direttamente disponibile sul WEB.
Dispense e files con esempi sono disponibili al link:
CARTELLA CONDIVISA MATERIALI E CODIVISIONE FILES
The teaching material is available at the teacher web site and it will be made available to students through ppt and pdf documents. Key to the course is to get the needed information through the web.
An important link is: https://drive.google.com/open?id=0B035VEiBzXoyZzItSGJxTW1yY1U
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